Pues mira, quizás yo sea bastante indicado para ayudarte porque precisamente al comprar la 3DS lo primero que me puse es a acumular RPG's de DS xDDD
A ver, te voy diciendo por sagas:
Final Fantasy
- Final Fantasy III (recomendadísimo)
- Final Fantasy IV (recomendadísimo)
- Final Fantasy Tactics A2 (si te gustan los RPG tácticos, muy bueno)
- Final Fantasy XII: Revenant Wings (este aun no lo he probado, aunque si no has jugado al XII yo no lo jugaría, pues es secuela de este)
- Final Fantasy The 4 Heroes of Light (simple, pero entretenido, muy parecido a lo que ha acabado siendo Bravely Default)
Hay mas Final Fantasy, pero estos creo que son los mejores (sobre todo el IV) y hay otros muy buenos títulos de FF que deberías jugar antes de cualquiera de los restantes.
Kingdom Hearts
- Kingdom Hearts 358/2 Days
- Kingdom Hearts RE: Coded
Ambos buenos, pero no son maravillas. Además, nada recomendados si no has jugado la saga Kingdom Hearts anteriormente, pues son continuaciones de la saga, no títulos independientes como la mayoría de Final Fantasy
Dragon Quest
- Dragon Quest IX (recomendado)
- Dragon Quest V (recomendado)
- Dragon Quest IV (recomendado)
- Dragon Quest Monsters: Joker 1 y 2 (son parecidos a los Pokemon)
Ahora, fuera de sagas:
Chrono Trigger (indispensable si no lo has jugado, el mas recomendado de la lista junto con DQIX y FFIV)
Mario & Luigi (hay varios)
Sonic: La hermandad oscura (RPG bastante original, hecho por los creadores de Mass Effect si mal no recuerdo)
Ahí tienes algunos de los mejores. También tienes los Tales of, que son bastante buenos, pero Tales of te recomendaría mejor el de 3DS, Tales of the Abyss.
Si quieres algo mas específico, pregunta. Ahora, indispensables, como digo, Chrono Trigger, FFIV y Dragon Quest IX.