No existe ningún programa para eso.
En su dia (creo que Marcan, pero no estoy segura) se comentó que lo que pasa es que la Wii a veces usa parte de la memoria que tiene reservada para memoria normal. Por eso, aunque borres, te aparece 0bloques, porque no has borrado suficiente para todo lo que "te has pasado". Probablemente esto sea porque te deja instalar el wad a pesar de ser muy grande y darte el error.
En cualquier caso, el espacio no ha desaparecido, simplemente es que cuando te salian 0bloques te debería poner -200bloques (por ejemplo).
Si lo que quieres es borrón y cuenta nueva, formatea, pero si no, lo que tienes que hacer es usar forwarders y el menú SD para "vaciar" tu Wii.