Efectivamente puedes usarlo como memory card con un emulador de memory card llamado hdproject, que aun esta en desarrollo y no funciona con todos los juegos ni de lejos, aparte de ser un poquito complicado el proceso para lanzar los juegos.
Bueno, complicado no, pero ahora mismo es mucho mas practico utilizar algun software como ARMAX que te han comentado para salvaguardar las partidas que no uses en el pendrive y liberar sitio en la mc. Personalmente te recomiendo usar uLaunchELF v4.12