¿El término "Fragmentación del sistema de ficheros", os suena de algo...?
Como dice el compañero, FAT32 es posterior a FAT (a secas, o FAT16 como también se le llama), y más que optimizar, o añadir nada "extra" al FAT de los discos de MS-DOS de antaño, lo que hace es permitir un direccionamiento mayor de bloques de datos (clusters) que redunda en un número mayor de éstos y cada uno de menor tamaño (evitamos mayor fragmentación), permitiendo mayores tamaños de archivos y unidades de disco.
Una FAT32 es más "dura" de tratar, porque es más grande (además de accederse linealmente...), pero evita mayores problemas de fragmentación, es decir, desperdicio del espacio por la asignación de bloques "grandes". Si no probad a grabar varios archivos en una FAT16 vs FAT32, veréis como en la FAT16 el tamaño disminuye "más rápido", aunque esto es más notorio, conforme aumenta el número de archivos grabados.
Como casi todo en esto de la informática, no hay nada ni mejor ni peor, sino distinto. Cada cual que ponga en la balanza y decida si optimizar espacio o velocidad.
Un saludete.
PD: Yo no sé ni como la tengo... el formato de la MS, me refiero...