Pues la verdad es que no me ha pasado.
Soy consciente de las limitaciones de internet (fuera gestos, tono de voz, miradas y cualquier otro elemento de comunicación no verbal) pero nunca me ha supuesto un problema. Escribir con claridad, explicar los motivos por los que dices algo y la intención con la que la dices, expresar lo que sientes y preguntar por lo que siente la otra persona... todo esto ayuda a superar las carencias que tiene una conversación donde no puedes ver las emociones de la otra persona.
Eso sí, si las habilidades interpersonales de un individuo no están demasiado desarrolladas, cualquier conversación con inconvenientes adicionales (como el caso del que hablamos) facilita la aparición de problemas.