A lo mejor tienes un segundo programa de windows, tipo outlook, que te lo carga al inicio, o sino, lo mas seguro que tengas una entrada en el inicio para que te lo cargue. Puedes mirarlo tecleando en ejecutar->msconfig. En la pestaña inicio te saldrá una lista con los programas que se cargan al iniciarse windows, así que mira a ver si ahí tienes el ejecutable del messenger puesto, el msmsgs.exe. Lo desmarcas, y en principio ya estaría