Aparentemente, en lo que respecta a prestaciones, ambos son en la practica iguales, ambos cargan juegos originales y copias de seguridad de juegos de psx y ps2, son compatibles con todas las versiones de la consola(v3-v7), no es necesario el sistema de intercambio de disco, cargan juegos de EA sin el pach e incluso tienen un numero de soldaduras similar.
Pero el messiah 2 tiene componentes de mas calidad y parece ser que esta mas probado. Por lo que he oido de amigos mios y he leido en los foros, no suelen fallar, excepto si se instala mal o se mete en ciertas versiones nuevas de la ps2 en que han realizado algunas variaciones en la bios (las supuestas "v7.1") pero ahora con la ultima firmaware 1.21 ya se ha solvendado el problema y vuelve a ser el mas fiable.
En cambio, el magic 3, aunque sea un poco mas barato da muchos problemas de funcionamiento y se conocen bastantes casos en los que se ha cargado la consola (que no quiere decir que suceda en la mayoria) y hasta da problemas para ver divx, y ya no te hablo del magic 4 (parece ser que hasta lo estan retirando de la venta por todos los problemas que da).
Por la diferencia de precio, yo no dudaba y me metia un Messiah 2 de cabeza, me parece una chorrada pagar una pasada por la consola y arriesgarte a que se te joda y a tener un monton de disgustos por ahorrarte 20€.
Espero haberte ayudado