Esta respuesta es la típica pero... ¿no podrían ser los dos?
El GTA4 te ofrece más horas de diversión offline con su historia, pero a mi parecer son menos intensas que las del MGS4. Lo malo es que el MGS4 depende mucho de tu conocimiento del resto de la saga para que realmente te guste, y si no has jugado a los anteriores, me temo que todo se sonará bastante a 'chino'. Esto con el GTA4 no pasa, pues la historia de cada uno es independiente. Además, los dos son bastante rejugables, y puedes tirarte bastante tiempo con el 'pique' de desbloquear objetos/armas en el Metal Gear, al igual que puedes tirarte muchas horas cazando las ratas voladoras o buscando los saltos en el GTA4.
En el apartado online, ambos juegos son muy divertidos. El GTA4 quizá sea más variado, tiene muchos y muy diferentes modos de juego con los que pasar el rato, y puedes tardar bastante en aburrirte de cada uno de ellos. La ciudad es lo bastante para ofrecer variedad y tardas en aburrirte de ella. Y bueno, siendo un GTA como es, ya sabes que todos los modos llevan un elemento 'caos' bastante divertido, así que ya te imaginarás.
El MGO (Metal Gear Online), sin embargo, es más pausado, más abierto a tácticas de equipo, pero también tiene un online genial y muy entretenido. Hay varios modos de juego y bastante variados entre sí, que aunque no llega a la variedad del GTA4, si te ofrecen igualmente infinidad de horas de vicio. La única pega es que de momento no hay apenas mapas (5-6 creo recordar), y si juegas mucho puedes acabar cansándote un poco de ellos.
Como siempre, depende de gustos, por supuesto, y compres cual compres no te vas a equivocar. Personalmente me gusta más el universo Metal Gear, pero el GTA4 me ha ofrecido muchas y muy buenas horas de diversión.
¿Mi consejo? Si puedes permitirte el lujo de comprarte uno y en breve el otro, empieza por el MetalGear. Si tienes que esperar un tiempo antes de hacerte con otro, ve a por el GTA4 que sólo con su modo historia tienes para rato.