A ver por partes:
No importa lo del mercenario o prisionero, eso mas que nada es para saber como conseguiste a ese soldado si fue por que era un prisionero o porque vino de voluntario (via wifi) o si lo atrapaste tu por fulton), lo que importa es el rango del soldado, si es S, A, B, C, D o Ey en que lo quieres, es decir para que te suba el rango de la zona de comedor por ejemplo pos necesitas gente que tenga buenas cualidades de cocina, ademas miras en donde escojes al personaje, calcas tirangulo y se te abre un menu donde ves que caracteristicas especiales tienen, por ejemplo chef 3 estrellas o 4.... (te hablo del comedor pa darte un ejemplo, si queires de I+D pos miras las cosas I+D).
Lo de las barras de los soldados no llegan a subir al tope, suben un poco si hay moral (osea en el comedor lo tienes a mas del 100%) si las veras subir si el soldado esta enfermo y lo tienes en la enfermeria, veras como a medida que hagas misiones subiran para curarse.