Parchear el ios 36 no es necesario a día de hoy. Las apps van en la tarjeta SD. Crea una carpeta en la raíz de la SD llamada "apps" (sin comillas) y dentro de ella creas otra carpeta con el nombre de la aplicación. Dentro de esa segunda carpeta irá el archivo boot.dol (la aplicación en sí, y siempre renombrado a boot.dol), el icon.png (icono de esa aplicación) y el meta.xml (información).
Para USB Loader GX, por ejemplo, quedaría algo así:
SD/apps/usbloadergx/boot.dol+meta.xml+icon.png
Para el emulador de NES FCEU GX:
SD/apps/fceugx/boot.dol+icon.png+meta.xml
Y así sucesivamente. Como ves, cada aplicación llevará su propia carpeta dentro de la carpeta "apps", puesto que todos los archivos deben estar renombrarse de la misma manera.