Meter backups en el HD

Hola,
tengo un HD para mis Backups y al usar Ubuntu y uso Wiithon para pasar las backups, y queria saber si habria algun problema en agregarle algun backup nuevo con el Wii Backup Manager o alguno de los programas de Windows, o siempre tendria que hacerlo con el Wiithon si es el primero que utilice?

Resumiendo: Wii Backup Manager y Wiithon se pueden usar indistintamente para agregar una nueva Backups en el mismo disco duro?
diria que si ya que hacen lo mismo
OK. Es que no encontre nada al respecto, y como tocan vacasiones y en el ordenador de casa de mis padres tengo Windows, era por si alguien sabia, ya que allá no dispongo de internet y asi me llevaba todo lo necesario por si compraba un juego nuevo. Gracias
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