Para editar o crear subtitulo te recomiendo mas Urusoft SubtitleWorkShop, asi lo exportas ya como archivo SubRip -SRT-, ahora para poder meter los subtitulos tendrias como ya dijeron que volver a crear la estructura del DVD -los archivos IFO, BUP y VOB-.
Puedes usar DVD Maestro o DVDLab o mejor por su sencillez: Ulead DVDWorkShop.
PD: HHmm...
Estaba recordando que alguna vez lei que se puede incrustar al video VOB lo subtitulos y mantener los menus del original, esto es utilizar un programa como los ya citados para crear los archivos VOB con los subtitulos y despues con otro programa editar los archivos IFO/BUP para anexarle la instruccion de manejar la nueva cadena de subtitulos. Es algo de mucho tiempo y algo de trabajo, pero puedes hacer la prueba si deseas conservar los menus.