Eso lo llevo yo haciendo desde hace años... pero seguro que si posteo mi blog me tachan de spammer
.
Ahora ando depurando el sistema para arrancar todo de las isos directamente (paso de tantas carpetas uff).
Yo llevo mas de 20 isos y 5 submenus con mas de 50 entradas en mi pendrive creo.
Sino se dan detalles, no se daran bien las soluciones, cada sistema tiene ciertas peculiaridades al igual que cada distro, en tu caso, seguramente no encuentra el initrd, te recuerdo que el kernel busca en rutas absolutas, asi que usas carpetas no debes renombrarlas o cambiarlas de sitio sin una previa configuracion avanzada.
Quienes esten interesados en metodos avanzados y tal, estoy a tiro de MP ^^.
Ubuntu y Wifiway por carpetas no tienen misterio alguno pues estan diseñadas para ser booteadas desde pendrives sin problemas (en Ubuntu recuerda pasar el .disk eso si
).
Recuerda tambien desfragmentar los archivos si intentas mapeo directo.