Los programas en mac no solo se ven en "aplicaciones", hay ficheros y configuraciones que se guardan en varios directorios del disco duro, si los mueves de un ordenador a otro sin mover esos ficheros, si podrás ejecutarlos, pero no tendrás la misma configuración.
Por lo que respecta a Time Machine, yo actualizaría antes el viejo a Snow Leopard, luego forzaría una copia de seguridad (desde el menú de TM puedes). Y antes de encender el Macbook nuevo, conectaría el TM del viejo y restauraría la copia.
Ahora bien, tienes la opción de conectar ambos macs (aun que tengan sistemas operativos diferentes) por un cable, y realizar una transferencia de perfiles, aplicaciones y configuraciones de un ordenador a otro desde el asistente de migración.
El nuevo mac te debería de dar la opción cuando lo enciendas la primera vez. Y creo que es la mejor solución.