Ambos son juegazos, pero para mi mejor el Metroid Prime 1 de largo, aun siendo ligeramente inferior tecnicamente, el desarrollo del juego es mas coherente y la historia me gusta mas. La historia del 2 es buena también pero el gran pecado del 2 es que te pierdes en el juego con una facilidad pasmosa y no sabes donde ir y al final acabas horas dando vueltas sin saber que hacer, al final yo he acabado tirando de guía.
Sobre las historias, se pueden jugar desordenados perfectamente, las historias se entrelazan y tiene una linea temporal, pero puedes empezar en cualquiera de la saga que luego vas enlazando. Que yo recuerde, no te spoilea nada o mas bien poco.