El de NES era una versión bastante modificada del Metal Gear original de MSX, después para NES también salió Metal Gear: Snake's Revenge, una secuela no oficial.
El Metal Gear: Ghost Babel de GBC era una secuela que llevaba el argumento por un hilo alternativo (más o menos como los Ac!ds) por lo que no es esencial.
Si quiere jugar la historia al completo sólo necesita jugar a los de MSX, PSX y PS2. Pero en MGS vienen "resúmenes novelizados" de lo ocurrido en los juegos originales, por lo que jugando a partir de ahí y leyendo los documentos es más que suficiente.
EDITO: Bueno, y ya para redondear puede jugar al Portable Ops! de PSP, que sí sigue el hilo argumental princial.