Todos los windows hasta el xp cuando copian a un dispositivo tipo n-gage (tambien pasa con los pendrives) lo que hacen es copiar parte en primer plano y acabar de copiarlo en segundo plano (incluso a veces lo copian todo en segundo plano). lo que tienes que hacer es darle al iconito de extracion segura y asi windows acabara de copiar todo lo que tenga en cola. Si es mucho puede que te de un error de que no se pudo desconectar en ese momento pero le vuleves a dar y listo hasta que se te diga que ya lo puedes extraer con seguridad que es que ya acabo de hacer lo que tenia que hacer.
En el xp lo sueles hacer en primer plano todo aunque a mi me tiene pasado de pasar cosas muy grandes y que las pase en segundo plano y no me doy cuenta desconecto el cable y claro el archivo por la mitad.
Ya comentaras haber que tal te fue el remedio