Al hacer eso que has hecho, seleccionar todo y darle a propiedades, la información que Windows te está devolviendo no es correcta. El sistema de ficheros y el sistema operativo tienen una serie de permisos los cuales no te permiten acceder con tus permisos de usuario a la totalidad de las carpetas. De esa suma por selección se habrán excluído, como mínimo, la carpeta "System Volume Information" (que son las copias de seguridad de Restaurar Sistema), las carpetas personales de otros usuarios y alguna carpeta protegida por algo en concreto. Eso asumiendo que hayas seleccionado todo, pues hay carpetas que si no activas las opciones determinadas del explorador tampoco puedes ver, y por tanto seleccionar.
Para estos menesteres, te recomiendo algún programa de análisis de datos y ocupación. Yo siempre uso WinDirStat, por ejemplo. Ejecútalo como administrador y deja que te analice los datos.
Lo de que tengas 2GB más de datos tras la desfragmentación puede ser por dos cosas:
- Que el Windows durante el proceso haya hecho algún proceso interno el cual haya liberado 2GB de espacio (lo cual no tenga nada que ver con la desfragmentación en sí)
- Que el desfragmentador haya ordenado bien los datos y con ello hayas obtenido un poco más de espacio.