La mejor solución es la que comenta el compañero, introduciendo el comando L-O-Eras.exe (aqui pon el puerto donde te salia tu lector) por MS-Dos, a mi me paso algo parecido y lo solucione asi... puedes guiarte usando el tutorial " FLASHEAR LiteOn Paso a Paso extractor casero MSDOS" a partir del paso de borrar el lector y acabar el flasheo desde aqui.
Suerte.