Hola Juan, bienvenido.
Un disco duro fragmentado o una memoria comenzando a fallar generan esos síntomas.
Para comprobar el disco duro puedes pasarle
Defraggler, es un desfragmentador, así se reorganiza la estructura del disco duro (un formateo no lo hace) y se debería reflejar en una mejora de rendimiento. Una solución radical es el formateo a bajo nivel, pero antes se debe estar seguro de que el disco duro presenta en realidad un daño físico que le impide funcionar con normalidad, el programa
HD Tune sirve para testearlo.
En la memoria lo más fácil si estas acostumbrado a tratar con el PC fisicamente, es, ya tengas uno o dos módulos de ram, retirar un módulo y arrancar sin el para ver el comportamiento del ordenador, luego repetir la operación quitando el segundo módulo y volviendo a colocar el primero que retiraste. Con un sólo módulo (2Gb) tambien es conveniente sacarlo y volver a insertarlo, a veces las constantes dilataciones y contracciones durante años hacen que las memorias se 'muevan' dentro del zócalo y empiecen a fallar.
Por otra parte el programa
Memtest comprueba el estado de la memoria sin tener que llegar a manipularla.
Si la Geforce 8600 no funciona, creo que es mejor desconectarla del ordenador si aún no lo has hecho, aunque no tendrá relación con la lentitud.
Si el formateo no a sido rápido (en ese caso sólo se elimina la tabla de asignación, los archivos siguen existiendo en el disco) fué un formateo normal, diría que es imposible que un virus inicial que causaba esa lentitud haya sobrevivido, pero de no ser así tampoco sabría decirte que antivirus/spybot utilizar,
Spybot S&D y
Hijackthis son los que he utilizado, esta posibilidad es realmente dificil.
La fuente de alimentación al menos yo la descarto, y la placa base practicamente tambien, si quieres puedes revisar los condensadores de la placa, por si alguno tiene un aspecto hinchado en la base.
Saludos