Muy probablemente estés instalando un homebrew que no es compatible con tu Firmware (varios están hechos para 3.41 y 3.55 especialmente)
Eso, o quizá actualizaste a 3.56/3.60 y ya no puedes instalar más de nada. Pensaré que fué lo primero, así que corrobora eso.
Por cierto, una pregunta un poco offtopic, pero tengo la duda ¿Es mas rápida la transferencia de archivos por FTP o por un administrador de archivos y USB? Veo más lógico por FTP, pero quiero saber xD