Hola,si marcas las opciones:
Enable Save+enable saver patch+enable real time saver,no deberías de tener problemas,justo cuando cargas tu backup de GBA y dándole al botón derecho y propiedades.
-Una vez que estés dentro del juego,haces la combinación para el real time saver,que es mejor que el salvar normal,puesto que te lo deja en el último momento donde hiciste el salvado.
Pruébalo y nos cuentas.