@Crixtes Si el disco duro está dañado es mejor sustituirlo, el rendimiento mejorará.
Si quieres confirmar que el disco duro está dañado; te recomiendo hacer un respaldo de las partidas guardadas, si no te importa perder la información conecta el HDD al PC, no lo reconocerá pero me parece que aún así con Crystal Disk Info podrás comprobar si su estado es bueno o está empezando a fallar. Si su estado es bueno puedes darle un formateo a bajo nivel con HDD Low Level Format y volverlo a poner en la consola, reinstalando su FW correspondiente.
El calor que genera un HDD es poco comparándolo con el calor que puede generar el CELL, el RSX o la fuente de alimentación.
Ahora, que el ventilador haga mucho ruido puede ser por dos motivos:
A) Tu consola está alcanzando altas temperaturas y necesita mantenimiento; limpieza interna del polvo y cambio de pasta térmica.
B) Tienes instalado webMAN-MOD o alguna otra aplicación para el control de ventiladores.
En el caso A, necesitas abrir la consola para realizar el mantenimiento. En el caso B, revisa la configuración para que ajustes la velocidad del ventilador y encuentres un equilibrio entre temperatura adecuada y ruido.
Saludos