Que se caliente el disipador de la CPU (supongo que a eso te refieres, no que has tocado directamente la CPU) es normal, para eso esta, para calentarse y refrigerar.
Ten en cuenta que la gran mayoría de las 360 reparadas de 3LR suelen terminar muriendo, incluso con reballing, imagina solo con el "mod" de sustituir las X.
Yo no dedicaría mucho tiempo a esa 360, a no ser que tuvieras la posibilidad de hacerle reballing a un precio muy bajo (algo bastante dificil).
Si quieres curarte en salud lo mejor es venderla y pillar alguna FalconV3, Jasper o ya una Slim (trinity si quieres hacer RGH).
Puede que al cambiar las X no hayas montado correctamente los disipadores, verifica la instalación, pero aun así yo, repito, no me comería la cabeza con una 360 "reparada" de 3LR.