Según tengo entendido, los CIOS (222, 223, 249, etc) son slots independientes donde instalas el Custom IOS basado en el IOS oficial 37, 57, etc. (no estoy seguro si es así pero parece serlo) por lo que para reinstalar o borrar, solo tienes que sobreescribir (volver a instalar el mismo u otro IOS) en el slot correspondiente.
Por lo que dicen en otros foros, solo funcionan los micros de Logitech, otros dicen que utilices un hub de usb para conectarlo en el usb donde va el disco, y otros han probado con otros loaders (wiiflow con el 223, quizá con el cfgLoader, al final termina siendo un prueba y error)