Seguramente no tienes instalado el soporte para Exfat, cuando metes una micro SD fotmateada en Exfat en el Firmware original Nintendo te pide que te descargues una actualización para hacer compatible esa micro SD en Exfat. Si nunca has actualizado entonces por eso no te lee ese formato, te tocará o actualizar via Internet desde el firmware original metiendo una micro SD en formato Exfat, o desde el conejo meter una actualización dándole a la opción de que te leea el formato Exfat