por que no pruebas a instalarlo desde wubi, creo que lo minimo eran 5gb y seguro que puedes librar un poquito. Lo cierto es que ubuntu no me gusta mucho, se ha vuelto muy pesada, podrias probar otra distribucion, yo por ejemplo tengo el linux mint con xcfle, esta basado en ubuntu pero es mas ligero y a mi parecer es mas facil de manejar y mas bonito el escritorio, tambien esta el debian que la verdad no le vi diferencia con ubuntu (entiende que no soy un experto ni lo uso para cosas profesionales), me hablaron bien del fedora, dam small linux, open suse, y por lo general son bastante sencillo de usar.
Lo de los programas, en parte tiene razon con abrir el gestor de instalacion (synaptic en ubuntu) y elegir el programa que necesites, se instala automaticamente los paquetes, a mi me dio mas problemas las desintalaciones, por que algunos de los paquetes no se desintala con el programa.
Y si no puedes liberar espacio siempre puedes usar un usb con el linux instalado, yo lo probe con el slax y quede encantado.