Los juegos descargados en la SD no valen para nada al cambiar la SD de consola. Fotos y vídeos es lo único que debería guardar.
Y recordar que hay juegos sin guardado en la nube (Pokemon, Splatoon 2, Dark Souls y Animal Crossing tiene a nivel interno "su nube" que tocaba hacer backup a mano).
Cuando vayas a ejecutar un juego en la Switch nueva, irá a comprobar el estado de sincronización con la nube y te avisa si no coincide la partida guardada (o ausencia de parida guardada) para que la descargues en ese momento.
Vamos, que aunque puedes bajarte a mano todas las partidas de la nube, no llega a ser necesario sí o sí