Como te dice el amigo makute, lo normal es meter tanto aire como el que sacas, pero tengo leido en distintos turoriales que es incluso mas efectivo sacar aire que meterlo en lo que a refrigeración se refiere, ya que con que saques el aire caliente para fuera, por algún lado entrará aire del exterior, ahora bien, si quieres elegir por donde entrará el aire "limpio" (para que el lfujo de aire siga el camino que tu quieras) es cuando necesitas el ventilador frontal metiendo aire.
Los "expertos" suelen recomendar sacar mas aire del que se mete, y para eso lo que se suele hacer es, o bien poner dos ventiladores en la parte de atras, y uno delante, o que el ventilador trasero mueva mas caudal de aire que el delantero.
Comentabas que te extraña la diferencia entre la GPU y el HD... pues es de lo mas normal (eso si, el HD esta un poquito caliente de mas, como ya te han dicho) las partes que mas calor generan en el equipo son el Microprocesador y la GPU, y normalmente las GPUs suelen ser bastante calentorras, los discos duros aunque generan calor, nunca será al mismo nivel que una tarjeta gráfica. Pero sigue sin parecerme alta la temperatura de tu tarjeta. Otra cosa sería ver a que temperatura se pone cuando llevas un rato dandole caña al equipo.
Saludos