Estoy probando un programa que se llama Episode 5pro el cual convierte en muchos formatos (avi,dv,flash, h264, mpeg 1/2/4,quicktime,Realmedia,VC 1, Windows media) según el formato a comprimir soporta 5.1, es lento como todo conversor, estoy probando con movies cortas tipo pixar y comparando resultados pero en resoluciones de 1080p bajadas a 720 la calidad disminuye bastante en formato h264, sigo probando con otros formatos.
Por otra parte uso MKVmarge para desempaquetar el MKV ya que este formato es un contenedor y no un formato de audio/video en si, este programa te permite agregar, quitar subt. audio y video y hacer muxin solo lleva unos minutos.
Encontré un soft llamado SubSyncX que es para la edición de subtítulos y me parece una herramienta muy acorde cuando no encontramos sub en español o los que encontramos no tienen el bitrate que nececitamos, con esta herramienta podes utilizar el subt england del mkv que quisieramos editar previo haberlo sustraido con el MKVTools y reemplazarlo por el subt español para asegurarnos que tiene el mismo Brate.
La verdad que no hasta ahora no hay una herramienta que haga todo como el mkv2vob y a la cual todavía no encontré un settin acorde para pasar StarWars episode 3 ya que cada vez que lo paso a vob pesa 900mb kv y el mkv original que tengo pesa 4.3 gb a una resolución 1200 y pico por 500 y pico (no recuerdo bien) pixels.
Bueno, de todas maneras sigo buscando herramientas que sean más fáciles de operar y me den el mejor resultado para esta cansadora tarea de pasar mkv hasta que algún iliminado pueda incluir estos formatos en algún firmware tanto de PS# como en 360.
Saludos y espero te sirva de ayuda.