El disipador superior no va a hacer nada, puedes comprobarlo calentando el inferior, el superior no se calentara o tardara un siglo.
La razon es que la refrigeracion por heatpipes, normalmente tubos de cobre, no funciona asi, los tubos estan sellados y tienen dentro un gas especial que es el que transmite el calor, el que tu usas salta a la vista que no posee ninguna de estas propiedades, solo transmitira una pequeñisima parte de calor por contacto unicamente.
Saca todo eso, dejalo como estaba y no te olvides de poner las toberas de plastico como estaban con sus ventiladores.
Lo que si podrias hacer es cambiar el disipador de la GPU, por el que lleva el heatpipe incorporado, que no montarle tu uno como has hecho con este.
Y otra cosa, si quieres mejorar la refrigeracion a las bravas (como me da la impresion) puedes o sustituir todos los disipadores por disipadores de pc mas grandes y avanzados, o meter ventiladores directamente sobre las aletas de los que ya tienes.