Buenas, si he entendido bien, seguramente se trata del efecto tearing, consiste, explicado someramente, en que la imágen no se sincroniza por completo con el monitor y da lugar a que la imagen se 'parta' en trozos al producirse un movimiento continuado (de scroll o del personaje). En emuladores y juegos de PC se soluciona activando Vsync (sincronización vertical), una tecnica que mediante calculos logra sincronizar la imágen con el monitor.
Al hacer la modificación de 60Hz en Master System, ésta y creo que a diferencia de otras consolas, continua emitiendo en formáto PAL, con la excepción de que ahora sí trabaja 60Hz, este formato dual se llama
Pal 60.
Creo que dicha particularidad es lo que está generando un leve tearing/saltos en la imágen, que será más o menos acusado según el juego. No conozco la solución, pero por lógica tal vez ajustando la señal de tu TV (si ésta lo permitiera) la imágen se vería mejor, se trataría tan sólo de poner la TV a 60Hz. Si la televisión no incluye ese ajuste no conozco otra forma de solventarlo, y en ignorancia descarto que sea un tema provocado por mismo mod. A ver que te pueden decir, de todas formas siempre puedes utilizar otras TV de tubo, y combinarlas según te pille el día con unas LED/LCD
Saludos