Puedes hacerlo perfectamente, no notarás diferencia con una consola que no tenga chip.
Te lo digo por experiencia propia; yo tengo la Wii con el chip Wiinja desde el principio pero cuando salieron los USB loaders la modifiqué también por software, y jamás me ha dado ningún problema. Es más, hubo determinados momentos en los que tener chip me facilitó las cosas.