Cada modo se usa para algun tipo de protección distinto que llevan algunos juegos y si no activas el necesario para algunos juegos, éstos no te irán desde el HD. Consulta la lista de EOL:
666death666, primero levanta el dedo del Shift, anda y deja de gritar. Segundo, creo que ni en las instrucciones del HD Loader o HD Advance explican detenidamente cómo modifica el método de carga cada uno de los modos y me parece que ne este foro tampoco se ha explicado. Puedes probar AQUI, igual en los foros alguien lo sabe.