wenas,
Las desventajas del hybrid es tener que parchear la rom en el ordenador y que solo es compatible con güindous. Si usas el internal hybrid tool entonces el propio cartucho te parchea las roms "al vuelo" sin necesidad de parchear antes. Sobre los saves no se perderan siempre y cuando el nombre del juego sea exactamente el mismo que anteriormente.
Para reducir el tamaño hay que usar la opcion trim del hybrid tool o usar algun programa que haga trim como el trimmer del R4/M3 Simply.
La velocidad mejor manual ya que evitar ralentizaciones en algunos juegos (aunque si en auto no te va mal pues a seguir con el auto), eso si solo hay que ponerlo una vez ya que esa configuracion se queda guardada dentro del EZV y no depende del juego.
Sobre el soft reset hay algunos juegos que no arrancan despues de hacer uno, pero dentro de poco (o eso espero) van a sacar un nuevo kernel que deberia tener el soft reset interno.