Hola amigo a mi se me ocurren 2 cosas:
1. Que exista algun tipo de conflicto con la region de tu versión de emunand con la de sysnand sobre todo si no tienes las nands separadas.
2. Que te impacientes en la carga inicial del juego, ya que como ocurre con el super smash bros, son juegos pesados y a las old3ds les cuesta mas cargarlos, de ahy que parezca que se te queda pillado pero en realidad es la carga inicial del juego. Esto me pasa a mi y creo que lo mas seguro que te este pasando a ti también