La carpeta Shell la sacas del propio Zip que te bajas de la Web, del Moonshell, que lleva el Setup y el DPGenc, con darle a Setup, desmarcar todas las casillas de de la derecha, y seleccionar tu unidad donde este la SD o CF, y empezara a copiar los datos y crearte la carpeta Shell en raiz.
Asi te funcionara el Moonshell con el ejecutable NDS.
Salu2