No deberías tener problemas.
Solo utiliza el DiskWriter proporcionado por los desarrolladores del SKY3DS, siguiendo las instrucciones para copiar archivos en la MicroSD y listo.
Yo tengo una Sky3DS y pude colocar ese y otros tantos en una tarjeta de 64GBs y todos funcionan adecuadamente. Solo recuerda tener un template adecuadamente actualizado.
Sds.