Debes tener en cuenta que, de hecho, en la propia NES los sprites ya muestran parpadeos bastante visibles dependiendo el juego. Esto se debe principalmente a una limitación en el número de sprites que la consola era capaz de pintar simultaneamente en una mimsa linea (muchos emuladores permiten activar y desactivar este comportamiento, aunque apostaría a que desactivarlo debe dar problemas en varios casos). En cualquier caso los emuladores de NES a estas alturas están muy maduros y es dificil sacarles fallos. Yo personalmente utilizo el FCEUX y no recuerdo haber tenido problemas desde hace mucho tiempo.
