Hola a todos
Te aconsejo que pruebes con la ultima version de QuickTime Player de Apple, creo que a partir de la version 7.1, tiene la opcion exportar archivos .mov a .mp4 sin recomprimir.
1º Cargas el archivo .mov
2º Eliges la opcion EXPORTAR del menu Archivo
3º Seleccionas el archivo .mov y en OPCIONES a la derecha abajo, eliges TIPO DE ARCHIVO DE SALIDA: MP4 y en FORMATO DE VIDEO: PASS THROUGH, el resto lo dejas como esta le das a ACEPTAR y listo.
Veras como tarda muy poco porque no tiene que recomprimir.
Saludos