Debería de quedarse tal cuál estaba, el problema te puede venir por sacar la microSD y ponerla en el PC, u otro dispositivo, cuando realmente no es necesario sacarla ya que con el cable puedes copiar y pegar perfectamente ya que el PC te lo detectará como un disco duro más.
Así que si vas ha hacer lo que indicas, formatea en el móvil, y una vez formateada copia y pega todo el contenido de la copia hecha en PC al móvil, como supongo que tendrá carpetas creadas, aunque esté vacío de contenido te pedirá confirmación de sobreescritura, se lo das y problema solucionado. Debería de funcionar, yo lo he hecho bastantes veces ...
Donde puedes tener el problema en que esa microSD esté dañada por algún motivo y tengas que sustituirla por otra, pero el proceso sería el mismo.
