Los canales creo que van con un codigo en concreto (como los juegos). Si al hacer el .wad a partir del .dol has seguido los mismos pasos, pero no has cambiado el TITLE ID (creo que es eso lo del codigo), pues es como si tuvieras 2 .wad (en teoria diferentes) con la misma base, por lo que el ultimo que instales sobreescribe al anterior.
A la hora de hacer los diferentes .wad partiendo de la misma base te tienes que fijar en cambiar 2 cosas: la ruta a la que apunta el forwarder y el ID del canal.