Que yo sepa, los Windows no NT's tienen MS-DOS real. Los NT's es lógico que no tenga, ya que se basan completamente en otro sistema, pero tanto windows 95 como 98 como Me funcionan bajo MS-DOS Real. Otra cosa es que en el Windows Me hayan deshabilitado el acceso a este MS-DOS real, pero estar, está, porque en esta web, en la sección de download, hay una aplicación para poder "activar" el MS-DOS Real de Windows Me.
Si te fijas, tanto windows 95 como 98 como Me tienen unos archivos un tanto sospechosos para no tener MS-DOSes reales. Tienen Un IO.SYS, un MSDOS.SYS y COMMAND.COM. Estos archivos no son de Windows, sino de MS-DOS, pero sin ellos, el sistema no arranca.
Además, como tienes instalado Windows 98, si al arrancar y hacer F8, seleccionas sólo símbolo de sistema, ahí tienes la base de W98, el MS-DOS. Si reinicias en modo MS-DOS, primero Windows se cierra, y después se reinicia sin cargarse, porque tiene un DOS real. Si una vez cargado, escribes "win" o "exit", se carga Windows 98 desde el principio. Si eso es ser una emulación... En NT4, 2000 o XP, por ejemplo, sí que se nota que es una emulación.
Exceptuando los SO's basados en NT, todos los otros tienen MS-DOS.