comprueba primero que tienes el servicio puesto en automatico al iniciar.
asegurarse de que el servicio “Microsoft Security Essentials” esté establecido como automático y que esté iniciado
En Windows XP, haz clic en Inicio y después en Ejecutar, escribe services.msc y presiona Entrar.
–o bien–
En Windows Vista y Windows 7, haz clic en Iniciar, después haz clic en el cuadro Iniciar búsqueda, escribe services.msc y, a continuación, presiona Entrar.
Busca Microsoft Antimalware Service. Haz clic con el botón secundario en el servicio y selecciona Propiedades, o haz doble clic en él para abrir el servicio.
Asegúrate de que el "Tipo de inicio" esté establecido en "Automático".
Haz clic en el botón Iniciar para iniciar el servicio. Si el botón Iniciar no está disponible, haz clic en el botón Detener y, a continuación, haz clic en el botón Iniciar para reiniciar el servicio.
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y sino desistalalo y vuelve a instarlo
desinstalar/instalar Microsoft Security Essentials
En Windows XP, haz clic en Inicio y después en Ejecutar, escribe appwiz.cpl y, a continuación, presiona Entrar.
-o bien-
En Windows Vista y Windows 7, haz clic en Iniciar, después haz clic en el cuadro Iniciar búsqueda, escribe appwiz.cpl y, a continuación, presiona Entrar.
En la lista de programas instalados, haz clic en Microsoft Security Essentials y, a continuación, desinstálalo.
Si se te pide, reinicia el equipo y, a continuación, intenta instalar nuevamente Microsoft Security Essentials.
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Echo esto si sigue sin ir puede que se te haya metido un virus. Saludos.