Buenas:
No es necesario pasarlos en orden inverso, lo que tienes que dejar es el contenido del primer CD, por eso lo meten el ultimo, sin sobreescribir los archivos que se repiten.
Referente al .msi, busca con un p2p este archivo far.cry.instalador.dvd.zip, ocupa muy poco, lo tienes que descomprimir y sustituir el msi que obtienes por el original del juego para evitar que te pida el 2 CD, también puedes sustituir el FarCry.exe para evitar que te pida el CD de juego ni ningún otro, después lo grabas con la etiqueta que tu mencionas.
Un saludo