He llegado a amar y a odiar este dichoso programa así que supongo que te podría ayudar si puedes ser algo más concreto, ¿qué quieres decir con que no lo consigues? Será por tipos de errores...
Si todo funcionara correctamente, es tan sencillo como agregar todos los archivos de vídeo desde Add video files, recodificarlos según las "carencias" de cada capitulo haciendo doble click sobre cada título, plantarle un menú más o menos chulo si se quiere, darle a Start, rezar porque no pete nada y retocar el que pete, y elegir la estructura corecta dependiendo de si quieres grabar el AVCHD en un disco óptico en UDF 2.50 o verlo desde un USB con los nombres en 8.3
¿Dónde te falla el asunto y qué simpático mensajito rojo te sale?