OK, me pillas a mitad de un split de un fichero de 15gb, cuando acabe, antes de pasar los split files a la partición FAT, voy a probar a ejecutarlo directamente desde la partición NTFS, a ver si suena la flauta.
Por cierto, esa es otra, no son 2 discos, sino 2 particiones, de momento con la FAT no tengo ningún problema para cargar todo, lo único que quería evitar tener que hacer los dichosos splits.
Voy a documentarme un poco y hacer pruebas, luego comento algo.
EDIT: para empezar ya me encuentro con esto del changelog de MM:
Added support for PS3 games in ISO format from NTFS drives (/PS3ISO folder)
Added support for PS1 games in ISO/BIN+CUE format from NTFS drives (/PSXISO folder)
Added support for Blu-ray movies in ISO format from NTFS drives (/BDISO folder)
Added support for DVD video in ISO format from NTFS drives (/DVDISO folder)
a saber si con iris es igual, si hay alguna limitación en el sistema de ficheros que obligue a que sea ISO (lo cual sería muy raro), en fin, lo suyo es probarlo, pero parece que sólo es para las iso.