Con instanciar me refería a crear "algo" en la escena con ese modelo. Es decir, yo cargo el modelo desde el fichero con su jerarquía de bones y su animation controller, pero no los uso nunca para reproducir nada, solo los uso para clonarlos cada vez que quiero introducir en la escena un nodo de escena que utilice ese modelo. El problema es que todas las copias comparten animación aunque lo único que tienen en común es el la fuente de la cual han sido clonadas, cosa que no entiendo y que estoy seguro que en algún sitio estoy metiendo la gamba.
Mañana por la mañana pienso modificar el ejemplo de SkinnedMesh del SDK (que trae código para animar los modelos tanto en la GPU como en la CPU, el ejemplo de Multianimation lo hace todo por GPU) haber si así consigo ver algo mas claro cual es mi problema.
EDIT: Ya he encontrado el fallo, y es que la jerarquía no se clona bien. Lo único que se clona es un puñado de punteros que al final apuntan todos a los mismos datos. Eso me pasa por copiar&pegar métodos de internet sin ni siquiera analizarlo en profundidad.