Lo he probado he hecho lo siguiente:
He creado un directorio C:/Prueba donde he metido lo extraido de ese ZIP y la ROM limpia del NINTENDOGS parcheada con el NDSPATCH y renombrandola a .nds
He ejecutado el BAT y me ha creado un archivo MultiNDS.nds.gba
Lo he flasheado a mi EZ y siii!! Sale un selector de ROMs, pero le doy a cargar la ROM y pantallazo en blanco :S
Voy a probar con la ROM limpia a ver...
Saludos