Y hay muchos más de las que aparecen en esa página. Personalmente uso Pidgin (antes llamado Gaim) para las cuentas de Msn, Yahoo y Google Talk, y cuando quiero poner la webcam u otras pijaditas uso Amsn (que sólo soporta la red msn). En KDE se usa bastante Kopete.
Pero amos, que de todo esto se ha hablado cien mil veces.